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COVID 19 RNA提取丨*碳化硅RNA提取技術(shù)

2021年03月12日 17:17武漢艾美捷科技有限公司點(diǎn)擊量:772

冠狀病毒所到之處無不令人聞風(fēng)喪膽,咳咳咳~可能過了一點(diǎn),不過,草木皆兵,驚弓之鳥這些詞也是沒跑了。舉個(gè)例子,你突然感到頭暈想吐,或者咳嗽的厲害,再配合體溫表一看,38.3°,然后你不會(huì)懷疑世界,你只會(huì)懷疑自己是不是感染了新-...

 

事實(shí)上,這不是你,或者一小撮人的經(jīng)歷,人都是吃五谷雜糧長(zhǎng)大的,偶爾感個(gè)冒發(fā)個(gè)燒也挺正常的,以至于在新-冠突然風(fēng)靡全-球以后,很多人出現(xiàn)了Covid 19的體征和癥狀,不過檢測(cè)結(jié)果呈陰性,即使沒有出現(xiàn)在確診數(shù)據(jù)中,也還是可怕的,你有沒有想過,問題或許出現(xiàn)在檢測(cè)上。

 

那么接下來,如果有一種比現(xiàn)行標(biāo)準(zhǔn)方法更準(zhǔn)確的檢測(cè)方法,那可就太好了。

 

COVID 19假陰性:

 

假陰性是研究人員和臨床醫(yī)生在使用當(dāng)前標(biāo)準(zhǔn)的SARS-CoV-2病毒RNA提取方法時(shí)面臨的大挑戰(zhàn)之一。

 

通過鼻*或其它樣本采集方法采集到樣本后,將其存儲(chǔ)在病毒運(yùn)輸介質(zhì)(VTM)或通用運(yùn)輸介質(zhì)(UTM)中。這就是挑戰(zhàn)的開始。培養(yǎng)基常常不能有效地保存病毒RNA,因?yàn)樗荒茉谑覝叵路€(wěn)定臨床樣本中的病毒RNA長(zhǎng)達(dá)3天。這導(dǎo)致病毒RNA的快速降解/碎片化。此外,對(duì)于安全處理,VTM/UTM不能使樣品無傳染性。

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病毒RNA碎片化為何那么重要?目前的RNA提取標(biāo)準(zhǔn)(基于二氧化硅磁珠的技術(shù))不能有效地捕獲高度片段化的RNA。這是由于基于二氧化硅的技術(shù)傾向于結(jié)合更大的RNA序列。如果未*捕獲片段化的病毒RNA,則在基于qRT-PCR的檢測(cè)中產(chǎn)生假陰性COVID 19結(jié)果的可能性將大大提高。

 

COVID 19 RNA提取方法的比較研究:

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這與COVID 19標(biāo)準(zhǔn)化工作流程中的病毒RNA提取方法不一致,因此Norgen團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了一項(xiàng)研究,將Norgen的提取方法與基于二氧化硅磁珠的技術(shù)進(jìn)行了比較。目的是確定在捕獲SARS-CoV-2片段化病毒RNA的敏感性方面,不同的RNA提取方法是否存在差異。從Boca BiolisticsFL, USA)采購(gòu)了44份臨床鼻*樣本。使用FDA / EUA批準(zhǔn)的PerkinElmer?SARS-CoV-2實(shí)時(shí)RT-PCR檢測(cè)方法,對(duì)樣本進(jìn)行預(yù)篩選,確認(rèn)44份樣本為SARS-CoV-2陽性。

 

二氧化硅OR碳化硅?

 

研究了兩種RNA提取方法在檢測(cè)上述44種臨床樣品中檢測(cè)SARS-CoV-2病毒RNA的準(zhǔn)確性方面的效率。

 

種方法是提取病毒RNA常用的方法,傳統(tǒng)的基于二氧化硅磁珠的技術(shù)(Zymo ResearchQuick-DNA / RNA Viral MagBead)提取病毒RNA。第二種方法是基于碳化硅的提取方法(Norgen唾液/拭子RNA純化試劑盒)。

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什么是佳的RNA純化技術(shù)?

 

到這里事情逐漸變得有趣起來。使用這兩種方法提取RNA,并使用Norgen2019-nCoV TaqMan RT-PCR KitCat. TM67100)進(jìn)行qRT-PCR檢測(cè),針對(duì)CDC推薦的3個(gè)基因(N1、N2RP)。

 

當(dāng)比較兩種方法的qRT-PCR數(shù)據(jù)時(shí),我們發(fā)現(xiàn)基于二氧化硅磁珠的提取方法對(duì)SARS-CoV-2真陽性樣本的假陰性率為25%。在另一方面中,和基于二氧化硅磁珠的方法相比,基于碳化硅的提取方法產(chǎn)生了對(duì)SARS-CoV-2樣本的*的真陽性率和更一致的Ct值。這些結(jié)果清楚地表明假陰性結(jié)果可以通過使用基于Norgen碳化硅(SiC)的技術(shù)而不是傳統(tǒng)的基于二氧化硅的技術(shù)來進(jìn)行避免。

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如何改進(jìn)COVID 19檢測(cè)中RNA提取流程?

 

碳化硅是一種新型的RNA提取技術(shù),具有出色的RNA結(jié)合親和力——特別是對(duì)小的、高度降解的RNA丨片段,如病毒RNA。碳化硅對(duì)所有RNA序列具有一致的結(jié)合親和力,對(duì)GC的含量或大小沒有偏見。此外,碳化硅不需要任何載體RNA或諸如*/lv仿之類的有害化學(xué)物質(zhì)。

 

這意味著什么?

 

檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室必須使用準(zhǔn)確的技術(shù),以確??煽繄?bào)告SARS-CoV-2病毒感染情況?;跇?biāo)準(zhǔn)二氧化硅磁珠的提取方法可能不是檢測(cè)SARS-CoV-2準(zhǔn)確的方法,正如在研究中看到的,假陰性率為25%。

 

現(xiàn)在是對(duì)整個(gè)篩查工作流程的質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估的時(shí)候了——從采集生物樣本,到病毒RNA提取,再到SARS-CoV-2檢測(cè)——以終保護(hù)人口的健康和安全。

 

文章來源:艾美捷科技

 

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