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單細胞基因組學的興起

時間:2013-5-27閱讀:641
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Cold Spring Harbor的會議是*的高水準的會議,它有幾個特點:首先,所做的報告都是的研究,組織方特別強調,希望介紹尚未發(fā)表的研究進展。我們知道,當一篇文章發(fā)表出來了的時候,這個研究一般在一年之前就已經(jīng)基本結束了。鼓勵把正在進行中的項目拿出來講,保證的這個會議的前沿性?,F(xiàn)場的報告都有清晰的錄像,考慮到許多的talk是未發(fā)表的工作,這些錄像只有參會者才有權利看到。其次,會議有大量的討論時間。包括兩次茶歇,wine and cheese party, banquet,還有晚上一直開放的酒吧。給了與會者許多非正式交流的機會。第三,收費貴,參加的基本都是PI,受邀或者從提交的abstract挑選出的speaker都是這個領域里做的的人,我自己能被選中做presentation,感到非常有幸。

單細胞測序zui早的文獻,據(jù)我所知應該是Harvard的George Church在6年前Nature

Biotechnology上發(fā)表的。由于當時測序的價格昂貴,并沒有立刻開始廣泛應用。隨著二代測序的普及,單個基因組測序價格降到5000美元,單細胞測序迎來了迅猛發(fā)展的時刻。2012年,單細胞測序研究所發(fā)表的文獻包括,華大基因兩篇Cell文章上介紹的對上百個腫瘤單細胞基因組測序的分析, 斯坦福大學Stephen Quake在Cell上發(fā)表的對單個精子的測序, 哈佛的Sunny Xie實驗室發(fā)表的兩篇Science上的文章介紹一個新的單細胞測序技術, 還有Cold Spring Harbor的Jim Hicks在Nature上發(fā)表的對乳腺癌的單細胞CNV研究等。從文章的檔次上可以看出,單細胞基因組學的勢頭相當強勁。

單細胞測序技術zui常用的方法是MDA方法,這種方法的優(yōu)點是對基因組的覆蓋率高,缺點是擴增不均勻,比較適用于做SNP和mutation相關的研究。我實驗室用這個方法做的單細胞的覆蓋率在1X的深度下就達到了30%。 有意思的是這次會議中,有一半的talk是關于微流控技術的。原因是,微流控平臺是*的可以降低單細胞測序的噪聲,使得基因組擴展更加均勻。同時微流控平臺也適合于分離單細胞。zui近Fluidigm出了一個C1的單細胞擴增儀器,現(xiàn)場幾乎所有做單細胞的實驗室都表示出了購買的興趣,足見微流控技術的吸引力。單細胞測序zui容易出現(xiàn)的問題是污染,一般建議是在專門的獨立的超凈間里進行,并且此超凈間不應該做任何非單細胞的實驗。

目前單細胞研究的主要應用領域包括腫瘤,循環(huán)腫瘤細胞,干細胞等。但有意思的是,現(xiàn)場的好幾個報告都不約而同的做了同樣東西,看來大家的想法都非常相近??戳吮酒┪牡牟┯讶绻信d趣做單細胞基因組研究,請慎重,很有可能你的想法別人已經(jīng)做到9成,接近發(fā)表了,我非常歡迎感興趣的人和我討論或者合作。 

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