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Cell封面:非洲狩獵者的全基因組解密人類多樣性和進化史

時間:2012-8-9閱讀:910
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在非洲人類的多樣性遠(yuǎn)勝過世界上任何其他的地方。不同的食物來源、地理、疾病和氣候為自然選擇提供了許多的目標(biāo),對非洲人施加強大的壓力以改變和適應(yīng)當(dāng)?shù)氐沫h(huán)境。適應(yīng)的個體zui有可能復(fù)制和傳遞他們的基因組給后代。

遺傳的歷史就書寫在現(xiàn)代非洲人的DNA中,但還需要一些調(diào)查工作來對其進行注釋。在即將出現(xiàn)在8月3號《細(xì)胞》(Cell)雜志封面上的一篇報道中,賓夕法尼亞大學(xué)的遺傳學(xué)家們和他們的同事對分屬三個不同狩獵者(hunter-gatherer)群體的15個非洲人的*測序基因組進行了分析,并破解了一些必定涉及人類多樣性和進化的遺傳密碼的信息。

領(lǐng)導(dǎo)這一研究的是任職于賓夕法尼亞大學(xué)藝術(shù)與科學(xué)學(xué)院生物系和佩雷爾曼醫(yī)學(xué)院遺傳系的Sarah Tishkoff教授。

該研究講述了幾個故事。它鑒別了從前在人類中未知的數(shù)百萬個遺傳突變。它發(fā)現(xiàn)的證據(jù)表明現(xiàn)代人類的直系祖先有可能與未知古人類祖先群的成員發(fā)生了交配。它表明了不同的群體明顯地進化以從當(dāng)?shù)氐氖澄镏蝎@取營養(yǎng)并抵御傳染疾病。它還確定了有可能在使俾格米人(Pygmies)身材變得矮小中起主要作用的新候選基因。

Tishkoff 說:“我們的分析揭示了人類的進化,因為我們采樣的個體是有可能的所有其他現(xiàn)代人類的祖先群體的后裔。我們看到的信息是盡管我們采樣的個體都是狩獵者,自然選擇在這些不同的群體中起了不同的作用。”

研究人員對分別來自三個狩獵者群體的五個人的基因組進行了測序,包括非洲東部坦桑尼亞的桑達韋人(Sandawe)和哈扎人(Hadza)以及西部喀麥隆的俾格米人。這三個群體相互之間在外貌、語言、他們所居住的環(huán)境及文化習(xí)俗方面存在很大的差異,盡管桑達韋人和哈扎人居住地只有200公里遠(yuǎn)。

Tishkoff 說:“我們特意選擇了三種差異的狩獵者群體。因為其他基因組測序項目往往聚焦的是非洲的多數(shù)群體,他們并沒有得到*地描述。這是一個*且重要的數(shù)據(jù)。”

只有大約7.2萬種這樣的變異存在于代碼基因的DNA區(qū)域。其余的都在非編碼區(qū)域,有可能影響了基因如何及是否表達。

研究人員采用了一種方法使得對每條DNA鏈的測序次數(shù)平均超過60次。這樣的重復(fù)使得測序高度準(zhǔn)確,讓遺傳學(xué)家們確信他們發(fā)現(xiàn)的任何突變都是真實且沒有錯誤的。掃描這些序列,研究人員在基因組中發(fā)現(xiàn)了1340個遺傳變異或單個核苷酸不同于其他人類序列的位點,其中500萬個是新增的。

博士后研究人員Lachance說:“發(fā)現(xiàn)了數(shù)以百萬計的我們從不知道存在于我們的物種中的新變異,是令人驚嘆的。它震撼人心但又令人鼓舞地思考了如何理解所有這種多樣性。”

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