CUT&RUN(核酸酶靶向切割和釋放)是一項用于在細胞天然染色質(zhì)環(huán)境下檢測蛋白-DNA相互作用的強大通用技術(shù)。這種測定方法可用于檢測與基因組某個特定區(qū)域有關(guān)的多種蛋白,或相反,用于檢測與某種特殊蛋白有關(guān)的基因組的多個區(qū)域。
此外,CUT&RUN技術(shù)可用于明確某種特殊蛋白-DNA相互作用的空間和時間關(guān)系。例如,CUT&RUN技術(shù)可用于確定各種蛋白因子被募集到某個基因啟動子上的特定順序,或用于“測定”基因激活期間整個基因位點上某種特殊組蛋白修飾的相對量。除了組蛋白,CUT&RUN技術(shù)還可用于分析轉(zhuǎn)錄因子和輔因子結(jié)合、DNA復(fù)制因子和DNA修復(fù)蛋白的結(jié)合。
盡管染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)的數(shù)據(jù)讀取技術(shù)在不斷地發(fā)展,但是其DNA富集的方法中存在的缺點卻沒有很好的改善。CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)作為表觀遺傳學(xué)的研究的一種新型技術(shù)方法,對傳統(tǒng)的方法進行了重大的修改,以消除ChIP固有的缺點。
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CUT&RUN原理圖: