我們知道，基因表達(dá)可以通過(guò)許多不同的機(jī)制進(jìn)行調(diào)節(jié)，包括轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白和其他DNA結(jié)合蛋白。繪制出DNA和蛋白質(zhì)之間的相互作用圖譜，對(duì)于理解基因激活或抑制以及其他細(xì)胞過(guò)程至關(guān)重要。
傳統(tǒng)上，可以通過(guò)進(jìn)行染色質(zhì)免疫沉淀和測(cè)序(ChIP-seq)來(lái)分析這些相互作用。但是這種方法需要大量的起始材料才能產(chǎn)生足夠強(qiáng)的信號(hào)以消除背景噪聲，并且經(jīng)常返回假陽(yáng)性信號(hào)。同時(shí)，ChIP-seq還需要優(yōu)化的超聲處理來(lái)破碎染色質(zhì)，這可能非常耗時(shí)并可能導(dǎo)致樣品損失。
在zui近的一項(xiàng)研究中，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)和國(guó)家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所的科學(xué)家們利用CUT&RUN技術(shù)建立了一個(gè)功能性全基因組圖譜，該圖譜是一種稱為缺氧誘導(dǎo)因子的蛋白質(zhì)復(fù)合物的特異性結(jié)合位點(diǎn)—HIF1α，位于人眼的晶狀體中。該團(tuán)隊(duì)表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因?yàn)榍罢卟恍枰狣NA-蛋白質(zhì)交聯(lián)。此外，與ChIP-seq相比，前者成功實(shí)驗(yàn)所需的細(xì)胞計(jì)數(shù)J低。
在該實(shí)驗(yàn)中，CUT&RUN技術(shù)得以成功的應(yīng)用，有助于接下來(lái)的大量研究，重點(diǎn)是了解某些蛋白質(zhì)可能對(duì)基因表達(dá)的作用。
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