自然界中許多生物會自主分泌RNase
RNase是生物體的“保護(hù)傘”,可防止外源RNA入侵。如:生物眼淚、唾液、汗液等體液中均會分泌RNase。
環(huán)境中的RNase穩(wěn)定性非常好
環(huán)境中存在的RNase主要是由微生物(細(xì)菌和真菌)所分泌,由一種微小緊湊的蛋白組成。它的結(jié)構(gòu)中具有二硫鍵,因此具有穩(wěn)定性ji強(qiáng)的天然屬性,極難滅活,熱變性后也可以很快恢復(fù)構(gòu)象。并且,RNase耐熱、耐酸、耐堿,因此,它對眾多去污方法均具有抵抗作用。
檢測RNase污染的小Tips
由于RNase污染而導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗,如何有效檢測RNase污染源,是令實(shí)驗(yàn)人員頭疼的事情。建議從以下幾點(diǎn)進(jìn)行排查:
檢測緩沖體系、溶液:可啟用全新批次的RNase-free試劑測試比對,也可檢測疑似污染溶液中的RNase。
檢測RNA樣品:RNase進(jìn)入RNA樣本可在多種情況下發(fā)生,如RNA分離時(shí)(少量RNase在RNA制備過程中引入),或日常取用時(shí)(會不可避免地需要重復(fù)開關(guān)樣品管并插入可能被污染的加樣槍頭)。
可用GAPDH、cyclophilin、或beta-actin等管家基因的探針,通過northern分析來評估poly(A)RNA樣品的完整性。
從源頭開始,避免RNase的污染
RNase的無處不在,使得實(shí)驗(yàn)過程中,難以保存RNA樣本的完整性。因此,可以從源頭入手,一方面要嚴(yán)格控制外源性RNase的污染,另一方面要最大限度地抑制內(nèi)源性的RNase。
常見的污染源及其控制方法:
外源性
外源性污染源:
體液、水與緩沖液等溶液,槍頭,離心管。
控制外源性RNase污染的方法:
操作人員全副武裝
在實(shí)驗(yàn)過程中戴手套可避免源自人手的RNase污染;觸摸皮膚、門把手及普通物體表面后更換手套;
使用專業(yè)儀器與試劑
RNA操作專用的移液槍;使用RNase-free的槍頭和離心管;使用RNase-free的化合物與試劑;
選擇實(shí)驗(yàn)操作環(huán)境
遠(yuǎn)離/遮蔽通風(fēng)孔或開放窗口,走動較少的區(qū)域作為RNase-free區(qū)域;
其他注意的點(diǎn)
在RNA提取和分析期間,不要進(jìn)行其他可能引起RNase污染的實(shí)驗(yàn)。
內(nèi)源性
內(nèi)源性污染源:
所有組織樣品均含有內(nèi)源性RNase。
抑制內(nèi)源性RNase活性的方法:
樣本保存
組織取樣后若不直接提取RNA,要及時(shí)用液氮迅速冷凍存于-80°C環(huán)境,并盡早進(jìn)行實(shí)驗(yàn),這樣可使RNA的降解達(dá)到最少。
添加抑制劑
在細(xì)胞裂解液中加入RNase抑制劑(RNaseinhibitor),使破碎細(xì)胞與滅活RNase同步進(jìn)行,最大限度地降低細(xì)胞破碎過程中所釋放的RNase的活性。
遠(yuǎn)慕RNase抑制劑可有效避免RNase污染
RNasin能夠保護(hù)mRNA的完整,有利于提高轉(zhuǎn)錄及翻譯的效率,同時(shí)避免了使用有機(jī)化合物抑制劑可能帶來的影響。
RNasin是從人胎盤或大鼠肝中提取的一種特異的酸性糖蛋白。其分子量為51kDa,等電點(diǎn)pH值為4.7。RNasin對RNaseA、RNaseB或RNaseC抑制能力ji強(qiáng),可快速特異地與它們以非共價(jià)鍵結(jié)合形成1:1的復(fù)合物,從而抑制RNase的活性,防止RNA被其降解。但需注意,RNasin不能抑制RNaseI、T1、T2、H、U1、U2和CL3的酶活性。
目前,RNasin主要用于cDNA合成,體外轉(zhuǎn)錄,體外翻譯,以及mRNA-protein復(fù)合物分離純化等過程中保護(hù)RNA不被降解;還可用于特定RNase活性的鑒定等。