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士鋒miRNA和siRNA的技術(shù)介紹及其區(qū)別

時(shí)間:2016-6-22閱讀:661
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1998年,Andrew Fire和Craig Mello提出了一項(xiàng)新技術(shù):通過dsRNA誘導(dǎo)特異基因的沉默,即所謂RNAi。2000年,Amy Pasquinelli等將lin-4和let-7作小時(shí)序RNAs(stRNAs,mall temporal RNAs)。

RNA干涉(RNAi)在實(shí)驗(yàn)室中是一種強(qiáng)大的實(shí)驗(yàn)工具,利用具有同源性的雙鏈RNA(dsRNA)誘導(dǎo)序列特異的目標(biāo)基因的沉寂,迅速阻斷基因活性。sirna在RNA沉寂通道中起中心作用,是對特定信使RNA(mRNA)進(jìn)行降解的指導(dǎo)要素。siRNA是RNAi途徑中的中間產(chǎn)物,是RNAi發(fā)揮效應(yīng)所必需的因子。SiRNA的形成主要由Dicer和Rde-1調(diào)控完成。

由于RNA 病毒入侵、轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)錄、基因組中反向重復(fù)序列轉(zhuǎn)錄等原因,細(xì)胞中出現(xiàn)了dsRNA,Rde-1(RNAi缺陷基因-1)編碼的蛋白質(zhì)識別外源dsRNA,當(dāng)dsRNA達(dá)到一定量的時(shí)候,Rde-1引導(dǎo)dsRNA與Rde-1編碼的Dicer(Dicer是一種RNaseIII 活性核酸內(nèi)切酶,具有四個(gè)結(jié)構(gòu)域:Argonaute家族的PAZ結(jié)構(gòu)域,III型rna酶活性區(qū)域,dsRNA結(jié)合區(qū)域以及DEAH/DEXHRNA解旋酶活性區(qū))結(jié)合,形成酶-dsRNA復(fù)合體。在Dicer酶的作用下,細(xì)胞中的單鏈靶mRNA(與dsRNA具有同源序列)與dsRNA的正義鏈互換,原來dsRNA中的正義鏈被mRNA代替而從酶-dsRNA復(fù)合物中釋放出來,然后,在ATP的參與下,細(xì)胞中存在的一種RNA誘導(dǎo)的沉默復(fù)合體RNA-induced silencing complex (RISC,由核酸內(nèi)切酶、核酸外切酶、解旋酶等構(gòu)成,作用是對靶mRNA進(jìn)行識別和切割)利用結(jié)合在其上的核酸內(nèi)切酶的活性來切割dsRNA上處于原來正義鏈位置的靶mRNA分子中與dsRNA反義鏈互補(bǔ)的區(qū)域,形成21-23nt的dsRNA小片段,這些小片段即為siRNA。

RNAi干涉的關(guān)鍵步驟是組裝RISC和合成介導(dǎo)特異性反應(yīng)的siRNA蛋白。SiRNA并入RISC中,然后與靶標(biāo)基因編碼區(qū)或UTR區(qū)*配對,降解靶標(biāo)基因,因此說siRNA只降解與其序列互補(bǔ)配對的mRNA。其調(diào)控的機(jī)制是通過互補(bǔ)配對而沉默相應(yīng)靶位基因的表達(dá),所以是一種典型的負(fù)調(diào)控機(jī)制。siRNA識別靶序列是有高度特異性的,因?yàn)榻到馐紫仍谙鄬τ趕iRNA來說的中央位置發(fā)生,所以這些中央的堿基位點(diǎn)就顯得極為重要,一旦發(fā)生錯(cuò)配就會嚴(yán)重抑制RNAi的效應(yīng),相對而言,3′末端的核苷酸序列并不要求與靶mRNA*匹配。

micrornA(miRNA,微RNA)即為長度為22nt左右的5′端帶磷酸基團(tuán)、3′端帶羥基的非蛋白編碼的調(diào)控小RNA家族。miRNA廣泛存在于真核生物中,不具有開放閱讀框架,不編碼蛋白質(zhì),一般長20-24nt,miRNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物是發(fā)夾狀結(jié)構(gòu),在RNaseⅢ酶切后以雙鏈形式存在,zui后釋放互補(bǔ)鏈,miRNA成熟。成熟的miRNA 5′端的磷酸基團(tuán)和3′端羥基則是它與相同長度的功能RNA降解片段的區(qū)分標(biāo)志。

miRNA的又一特點(diǎn)——基因表達(dá)時(shí)序性。MiRNA表達(dá)的時(shí)序性和組織特異性提示人們miRNA的分布可能決定組織和細(xì)胞的功能特異性,也可能參與了復(fù)雜的基因調(diào)控,對組織的發(fā)育起重要作用。miRNA可能的形成及作用機(jī)制為:先由長的內(nèi)源性轉(zhuǎn)錄本(pri-miRNA)生成70nt左右的miRNA前體(pre-miRNA),然后在Dicer酶的作用下使其加工成為一個(gè)不穩(wěn)定的dsRNA分子,接著迅速被降解剪切為22nt左右的單鏈RNA(這種單鏈RNA及以后的miRNA只是Dicer作用下pre-miRNA被剪切的一個(gè)臂,可能是3′端的一個(gè)臂,也可能是5′端的一個(gè)臂,不同RNA可能是同一pre-miRNA的不同臂),之后被PPD(PAZ&Piwi domain)蛋白家族識別,形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合體即miRNA核蛋白體(miRNP),進(jìn)而形成成熟的miRNA。miRNA識別并與靶標(biāo)基因3′UTR區(qū)部分配對,從而抑制靶標(biāo)基因的翻譯。

miRNA基因是一類高度保守的基因家族,按其作用模式不同可分為三種:*種以線蟲lin-4為代表,作用時(shí)與靶標(biāo)基因不*互補(bǔ)結(jié)合,進(jìn)而阻遏翻譯而不影響mRNA的穩(wěn)定性,這種miRNA是目前發(fā)現(xiàn)zui多的種類。第二種以擬南芥miR-171為代表,作用時(shí)與靶標(biāo)基因*互補(bǔ)結(jié)合,作用方式和功能與siRNA非常類似,zui后切割靶mRNA,這說明某些miRNA和siRNA一樣參與了機(jī)體內(nèi)一些特異性mRNA的剪切過程。第三種以let-7為代表,它具有以上兩種作用模式。

miRNA對生長發(fā)育進(jìn)行更為重要的調(diào)控作用。同時(shí),科學(xué)家們也發(fā)現(xiàn)人類基因組中大約有255個(gè)編碼miRNA基因,約占人類基因數(shù)的1%,但尚不清楚其功能。zui近科學(xué)家發(fā)現(xiàn)小RNA 與‘epigenetic’現(xiàn)象有。所謂epigenetic 是指并不涉及遺傳序列的特征性的遺傳改變。有人已試圖將小RNA 用于抗病毒治療之用,認(rèn)為它們有可能抑制HIV21 和灰質(zhì)類病毒丙型肝炎病毒的轉(zhuǎn)錄,以及也可能用于腫瘤的治療。

miRNA與siRNA之間有許多相同之處:1.二者的長度都約在22nt左右。2.二者都依賴Dicer酶的加工,是Dicer的產(chǎn)物,所以具有Dicer產(chǎn)物的特點(diǎn)。3.二者生成都需要Argonaute家族蛋白存在。4.二者都是RISC組分,所以其功能界限變得不清晰,如二者在介導(dǎo)沉默機(jī)制上有重疊。5.miRNA和siRNA合成都是由雙鏈的RNA或RNA前體形成的。

miRNA與siRNA的不同點(diǎn):1.根本區(qū)別是miRNA是內(nèi)源的,是生物體的固有因素;而siRNA是人工體外合成的,通過轉(zhuǎn)染進(jìn)入人體內(nèi),是RNA干涉的中間產(chǎn)物。2.結(jié)構(gòu)上,miRNA是單鏈RNA,而siRNA是雙鏈RNA。3.Dicer酶對二者的加工過程不同,miRNA是不對稱加工,miRNA僅是剪切pre-miRNA的一個(gè)側(cè)臂,其他部分降解;而siRNA對稱地來源于雙鏈RNA的前體的兩側(cè)臂。4.在作用位置上,miRNA主要作用于靶標(biāo)基因3′-UTR區(qū),而siRNA可作用于mRNA的任何部位。

5.在作用方式上,miRNA可抑制靶標(biāo)基因的翻譯,也可以導(dǎo)致靶標(biāo)基因降解,即在轉(zhuǎn)錄水平后和翻譯水平起作用,而siRNA只能導(dǎo)致靶標(biāo)基因的降解,即為轉(zhuǎn)錄水平后調(diào)控。6.miRNA主要在發(fā)育過程中起作用,調(diào)節(jié)內(nèi)源基因表達(dá),而siRNA不參與生物生長,是RNAi的產(chǎn)物,原始作用是抑制轉(zhuǎn)座子活性和病毒感染。

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