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聯(lián)系人：馬經(jīng)理 （銷售）

公司動態(tài)

RPA技術(shù)試水二代測序的文庫制備

閱讀：742發(fā)布時間：2014-11-4

重組酶聚合酶擴(kuò)增RPA被稱為是可以替代PCR的核酸檢測技術(shù)。RPA擴(kuò)增的速度非?？?，靈敏度高，對硬件設(shè)備要求低，而且不需要復(fù)雜的樣本處理。這樣的技術(shù)特別適合于體外診斷、獸醫(yī)、食品安全、生物防御、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。

大規(guī)模并行測序技術(shù)（即二代測序NGS）是基因組和遺傳學(xué)領(lǐng)域的一次技術(shù)革命。NGS自誕生以來，不論是測序規(guī)模還是測序效率都有了飛速的提升。盡管這一技術(shù)已經(jīng)取得了巨大的成功，但有著堿基組成的基因組區(qū)域，對于目前的NGS平臺來說仍然是一個很大的挑戰(zhàn)。

不少重要的病原體都具有的堿基組成，比如瘧原蟲（高AT含量）和結(jié)核桿菌（高GC含量）。PCR擴(kuò)增是標(biāo)準(zhǔn)的文庫制備程序，不過PCR會導(dǎo)致不均勻的讀取覆蓋度（特別是在富含AT和GC的區(qū)域），zui終影響基因組的裝配和變異分析。而省卻PCR擴(kuò)增的文庫制備方案，需要大量的初始材料，不適合處理從臨床上分離的樣本。為此，Wellcome Trust Sanger 研究所的研究團(tuán)隊(duì)對測序文庫的制備進(jìn)行了優(yōu)化，找到了既適合低量樣本又耐受高AT含量的文庫制備方案。這項(xiàng)研究發(fā)表在2012年的BMC Genomics雜志上。

研究人員用非臨床和臨床分離物（含大約53%的宿主污染物）制備Illumina測序文庫，分別使用了不同的聚合酶、PCR和RPA方法，并對測序結(jié)果進(jìn)行了分析和比較。他們在此基礎(chǔ)上增強(qiáng)了高AT含量區(qū)域的測序覆蓋度，減少了堿基組成帶來的偏向性。


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