近日由美國(guó)加州大學(xué)圣地亞哥分校醫(yī)學(xué)院的科學(xué)家*的一個(gè)研究小組開(kāi)發(fā)了一種新方法可用于解析未知基因的功能，并將其置于交互式功能網(wǎng)絡(luò)中揭示基因間相互作用及所致相關(guān)細(xì)胞事件的機(jī)制。
加州大學(xué)圣地亞哥分校Ludwig癌癥研究所有絲分裂機(jī)制研究實(shí)驗(yàn)室主任、細(xì)胞與分子醫(yī)學(xué)教授Karen Oegema和紐約大學(xué)生物學(xué)系基因組學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)中心助理教授Kristin C. Gunsalus是這一研究項(xiàng)目的共同負(fù)責(zé)人。
在過(guò)去十年的時(shí)間里，基因組測(cè)序計(jì)劃生成了組成生物體的必需基因的完整列表。然而由于目前對(duì)其中大量基因的功能仍不清楚，從而阻礙了研究人員*解密它們的細(xì)胞信號(hào)通路以及相互作用對(duì)人類(lèi)疾病的影響機(jī)制。
在這一文章中，研究人員選擇了秀麗隱桿線蟲(chóng)開(kāi)展研究。秀麗隱桿線蟲(chóng)是一種廣泛用于研究動(dòng)物細(xì)胞過(guò)程的重要模式生物。近年來(lái)，科學(xué)家們一直致力于構(gòu)建線蟲(chóng)及其他模式生物體的基因功能系統(tǒng)目錄，并投入大量的精力將基因置于交互網(wǎng)絡(luò)中開(kāi)展研究。在這些網(wǎng)絡(luò)中，研究人員將功能相似的基因直接連接在一起，將不同功能的基因進(jìn)一步分隔開(kāi)。研究人員通?；谙嗨频囊阎δ艿幕蚨茢辔粗虻墓δ?nbsp;
生成能解析基因功能差異的功能圖譜通常需要大量的信息。目前研究人員是通過(guò)一種稱(chēng)為“高通量"篩選的技術(shù)而獲得這些信息的。研究人員通過(guò)分別抑制基因的方法，追蹤單個(gè)細(xì)胞的行為從而了解這些基因在細(xì)胞中的作用。
Oegema與文章的*作者、加州大學(xué)圣地亞哥分校醫(yī)學(xué)院Ludwig 研究所的博士后工作人員Rebecca Green決定采用一種不同的方法?！拔覀儧](méi)有對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行監(jiān)控，而是在多細(xì)胞生物體的復(fù)雜組織結(jié)構(gòu)（此處是線蟲(chóng)的生殖器官）上研究了基因的抑制效應(yīng)，"Green說(shuō)。
科學(xué)家們?cè)诰€蟲(chóng)中抑制不同的基因生成了顯著差異的含有豐富信息的組織結(jié)構(gòu)效應(yīng)譜，從而構(gòu)建出了單個(gè)基因的“指紋圖譜"可用于預(yù)測(cè)基因的功能。
Gunsalus及其同事開(kāi)發(fā)了一種基于Java的工具顯示基因網(wǎng)絡(luò)，Oegema等利用這一新技術(shù)定量分析了基因與基因之間的相互作用，并將這些信息輸入到一個(gè)功能基因網(wǎng)絡(luò)中，從而構(gòu)建了一個(gè)包含818個(gè)線蟲(chóng)必需基因的集成功能網(wǎng)絡(luò)。
科學(xué)家們稱(chēng)這一網(wǎng)絡(luò)可用于預(yù)測(cè)相關(guān)人類(lèi)基因的功能。在接下來(lái)的工作中，他們計(jì)劃利用更廣闊的技術(shù)生成其他生物體包括脊椎動(dòng)物的功能基因網(wǎng)絡(luò)。
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