芯片和降解組測序揭示掌葉半夏miRNAs新信息掌葉半夏（Pinellia pedatisecta）是中醫(yī)中zui重要的中草藥之一，可治腫毒，具有止嘔，化痰，消腫，止痛等功能。MicroRNAs（miRNAs）是內(nèi)源性非編碼小RNA，在植物基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮關(guān)鍵作用。但目前在miRBase上仍沒有掌葉半夏的microRNAs信息，并且對其相關(guān)生物學(xué)功能的研究仍然不足。近日，浙江理工大學(xué)的徐濤教授的團(tuán)隊(duì)對掌葉半夏的miRNAs進(jìn)行了深入研究，研究成果發(fā)表在9月刊的PLoS One上。
為了檢測掌葉半夏中的miRNA并分析其與半夏miRNA的表達(dá)差異，研究人員根據(jù)miRNAs的保守性，從miRBase數(shù)據(jù)庫上搜集了43個植物物種的成熟體miRNAs序列，采用定制化miRNA芯片對掌葉半夏的miRNAs進(jìn)行檢測（定制化miRNA芯片服務(wù)由聯(lián)川生物完成）。從掌葉半夏和半夏中檢出共有的屬于22個miRNA家族的101個miRNAs，其中有21個miRNAs在兩個品種間存在表達(dá)差異。研究人員進(jìn)一步對差異表達(dá)miRNAs的靶基因進(jìn)行GO富集分析，發(fā)現(xiàn)這些miRNAs主要影響復(fù)制，轉(zhuǎn)錄因子活性和植物發(fā)育過程。
為了闡明miRNA的靶向調(diào)控功能，研究人員從掌葉半夏葉子中構(gòu)建了一個降解組文庫，并對其進(jìn)行高通量測序（降解組測序服務(wù)由聯(lián)川生物完成）。結(jié)果表明，共有18個轉(zhuǎn)錄本被鑒定為miRNA的靶基因，進(jìn)一步分析表明，miR156和miR529可能共同抑制SPL14（SBP-box基因家族）發(fā)揮作用。
本研究為進(jìn)一步研究掌葉半夏中miRNA與其靶基因的調(diào)控作用打下了扎實(shí)的基礎(chǔ)。
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