在黃三文看來，基因組測(cè)序完成只是一小步，對(duì)海量數(shù)據(jù)的處理與運(yùn)算才是更為重要的事情。
利用這些組織學(xué)資源，黃三文課題組發(fā)現(xiàn)了清香形成和苦味形成的侯選基因，特別是苦味形成的侯選基因發(fā)現(xiàn)為后來研究起到了重要的作用。
黃瓜的苦味是*造成的，這種苦味在果實(shí)中存在會(huì)影響品質(zhì)和效益，但在葉片中存在能提高抗蟲性，減少農(nóng)藥施用；同時(shí)，*是有希望的抗癌藥物，但難度大。因此，“苦味很重要。"黃三文說。
但是他們只有兩個(gè)線索。
一是2009年發(fā)現(xiàn)的染色體6上的Bi基因；二是2013年發(fā)現(xiàn)的染色體5上的Bt基因，這個(gè)基因是黃瓜馴化的主要基因。
但Bi和Bt是什么基因？苦味物質(zhì)是怎么合成和調(diào)控的？野生黃瓜是怎么馴化的？為了回答這些問題，黃三文課題組的策略是大數(shù)據(jù)與分子生物學(xué)和生物化學(xué)。通過全基因組關(guān)聯(lián)分析，他們發(fā)現(xiàn)Bi就是催化氧化形成四環(huán)的葫蘆二烯醇合酶的基因；隨后又通過突變體發(fā)現(xiàn)了BI基因，其負(fù)責(zé)調(diào)控葉片的部位；利用BI他們又發(fā)現(xiàn)了Bt；利用BI和Bt發(fā)現(xiàn)了另外8個(gè)合成基因。
這個(gè)過程，傳統(tǒng)研究方法需二三十年才能完成，用大數(shù)據(jù)分析方法卻在5年內(nèi)做到了。
黃三文介紹，這項(xiàng)研究有三個(gè)意義：揭示了黃瓜苦味形成的雙重調(diào)控機(jī)制，葉片里面由BI調(diào)控，果實(shí)里面由Bt調(diào)控，這樣就給無苦味黃瓜育種提供了新的方案；證明了存在一類主開關(guān)基因能夠直接調(diào)控次生代謝基因簇；為通過合成生物學(xué)批量和改造*用于抗癌藥物打開了一扇門。
這恰恰驗(yàn)證了黃三文的“三層樓"黃金理論，即地基是基因組大數(shù)據(jù)，通過多學(xué)科交叉融合，搭建三層樓：*層是基因組大數(shù)據(jù)與蔬菜生物學(xué)，第二層是基因組大數(shù)據(jù)與蔬菜育種，第三層是基因組大數(shù)據(jù)與蔬菜品質(zhì)和營(yíng)養(yǎng)?！叭龑訕?借鑒了人類基因組項(xiàng)目科學(xué)家Francis S. Collins的“基因組學(xué)時(shí)代的藍(lán)圖"的思想。
在黃瓜基因組計(jì)劃取得成功后，黃三文和團(tuán)隊(duì)又攻克了馬鈴薯、白菜、番茄和西瓜基因組，并在黃瓜和番茄變異組研究上也取得突破，為我國(guó)蔬菜基因組研究鋪就了結(jié)實(shí)的“地基"。像解決黃瓜的苦味生物學(xué)問題一樣，他們還和其他團(tuán)隊(duì)合作，正在闡明多個(gè)農(nóng)藝性狀的分子機(jī)理，這都將為蔬菜全基因組設(shè)計(jì)育種提供知識(shí)基礎(chǔ)?！拔蚁嘈挪痪玫奈磥?，基因組學(xué)研究能為大家吃上‘放心菜’做出具體的貢獻(xiàn)"。
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