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Nature公布人類微生物組數(shù)據(jù)

閱讀：1439發(fā)布時間：2012-9-20

      2001年，當美國NIH與Celera公布了*人類基因組草圖的時候，很多人都認為這已獲得了關(guān)于人體功能遺傳學(xué)基礎(chǔ)一個全新完整的認識。但是隨著時間的推移，我們認識到這還只是故事的開頭，因為我們的機體并不“完整”。

      近期Nature雜志，與PLoS的幾份期刊公布了*份人類機體中廣義微生物群體的基因組匯編數(shù)據(jù)，來自多國多個研究機構(gòu)的超過200名科研人員報道了他們的五年研究成果。

      NIH主任Francis S. Collins說，“就像是十五世紀的探險家們發(fā)現(xiàn)了新大陸，人類微生物組計劃HMP的研究人員采用了一種新技術(shù)方法，全面的，公布了人類正常微生物構(gòu)成”，“HMP利用基因組測序技術(shù)，直接分析健康志愿者體內(nèi)微生物，創(chuàng)建了一個龐大的參考數(shù)據(jù)庫。這將加速傳染病研究的進程。”

      人類微生物組計劃

      所謂微生物組是指在人體上發(fā)現(xiàn)的所有不同的微生物的總和，通過全面了解這些微生物，我們能更多的了解某些人類的疾病。

      新研究數(shù)據(jù)

      在公布的成果中，研究人員分析了242個健康美國志愿者基因組，包括129位男性和113位女性，這些樣品來自男性的15個機體部位，以及女性的18個機體部位（包括陰道三個位置），研究人員從每個志愿者的口，鼻，皮膚（耳后皮膚兩處，以及肘部），腸道（糞便）收集了三個樣品，進行分析。

      這樣他們純化了超過5000個樣品的包括人體和微生物的DNA，并利用計算機對這萬億堿基對基因組數(shù)據(jù)進行分類，從中尋找微生物*的遺傳信號——細菌核糖體（16S rRNA）中的可變基因，細菌核糖體RNA是蛋白制造工廠的組成單位。

      研究新技術(shù)

      這項研究的另外一個重點在于其采用的新技術(shù)，哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生系院的研究人員發(fā)表了Nature Methods的文章，報道了一種新型的計算機方法，能用于篩選這些微生物群體，從中根據(jù)DNA測序得到的數(shù)據(jù)，找到了特殊的遺傳標記。

      2007年底，美國國立衛(wèi)生研究院（NIH）宣布將投入1億1500萬美元正式啟動醞釀了兩年之久的“人類微生物組計劃”。 由美國主導(dǎo)的，有多個歐盟國家及和中國等十幾個國家參加的人類微生物組計劃將使用新一代DNA測序儀進行人類微生物組DNA的測序工作，是人類基因組計劃完成之后的一項規(guī)模更大的DNA測序計劃，目標是通過繪制人體不同器官中微生物元基因組圖譜，解析微生物菌群結(jié)構(gòu)變化對人類健康的影響。

      之后Science雜志于2010年公布了首份人類微生物組計劃研究報告，這個報告提及了研究人員對頭178個與人類宿主有關(guān)的細菌基因組序列的zui初的分析。這些結(jié)果給未來的分析工作提供了一個重要的基線，而且這項研究也提出了在自然環(huán)境中的微生物進行大規(guī)?；蚪M測序的標準化方法，研究人員目標之一是為至少900種人體寄居的細菌制作出參照基因組序列。

      因此研究人員能快速分辨出這些細菌標記在健康志愿者體內(nèi)哪兒，以及如何出現(xiàn)的。這種高靈敏度微生物檢測技術(shù)，能用于多個方面，比如分析超過100個條件致病菌，了解這些細菌在侵入機體，引發(fā)疾病之前，位于機體的哪個位置。

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