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預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)語言的新算法

時(shí)間:2015-11-3閱讀:142
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elisa試劑盒 研究人員與英國倫敦大學(xué)的Francesco Gervasio合作,共同開發(fā)了一個(gè)依據(jù)進(jìn)化論來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)的計(jì)算方法,揭示了與其他分子互作或者加速化學(xué)反應(yīng)時(shí)蛋白質(zhì)形狀或者三維結(jié)構(gòu)的改變。這個(gè)新算法是為蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)研究(蛋白質(zhì)的運(yùn)動(dòng))的一大進(jìn)步,可以幫助我們?cè)诟鼜?fù)雜的水平下開發(fā)一些遺傳疾病的藥物,如癌癥。這項(xiàng)研究結(jié)果發(fā)布在PNAS上。

“蛋白質(zhì)的氨基酸可以共同發(fā)展、協(xié)調(diào)改變。" Alfonso Valencia說,“通過分析特定家族的蛋白質(zhì)的序列,我們可以的預(yù)測(cè)不同的氨基酸之間的物理接觸。同時(shí)可以準(zhǔn)確的重建蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和折疊形式。"但是這個(gè)結(jié)構(gòu)并不是保持靜止的。elisa試劑盒 

在研究之初,以Francesco Gervasio為首的CNIO計(jì)算生物物理組提出了一個(gè)更為復(fù)雜問題:“我們是否可以使用協(xié)同進(jìn)化研究來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)形狀的變化,從而預(yù)測(cè)它們?cè)诃h(huán)境中所使用的語言?"

“我們開發(fā)了一個(gè)模型,在這個(gè)模型中具有協(xié)同進(jìn)化關(guān)系的氨基酸不需要額外的數(shù)據(jù)就可以彼此吸引。" 參與了這個(gè)項(xiàng)目的研究人員Simone Marsili這么說,“首先我們模擬了折疊過程,接著我們可以看見模擬能夠在不同程度的的復(fù)雜性上預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的變化,包括需要激酶來運(yùn)作的蛋白質(zhì)(與代謝、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞傳輸有關(guān)的重要蛋白質(zhì))。"

這個(gè)新的計(jì)算方法可以很容易的通過使用的序列分析和3D模型將實(shí)驗(yàn)和基因組數(shù)據(jù)結(jié)合起來。此外,他強(qiáng)調(diào)基因組數(shù)據(jù)可以成為一個(gè)極為有用的信息源,用以補(bǔ)充目前研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)的工具。

elisa試劑盒 在這種復(fù)雜程度下預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)關(guān)鍵結(jié)構(gòu)可以幫助我們了解蛋白質(zhì)的序列是如何決定它的動(dòng)力變化和功能。" Valencia這么總結(jié)到。同時(shí)也對(duì)遺傳疾病比如癌癥的研究、設(shè)計(jì)藥物等方面有重要意義。

GATA結(jié)合蛋白3(GATA3)重組蛋白 Recombinant GATA Binding Protein 3 (GATA3)
GATA結(jié)合蛋白4(GATA4)重組蛋白 Recombinant GATA Binding Protein 4 (GATA4)
G蛋白偶聯(lián)受體家族C5組成員A(GPRC)重組蛋白 Recombinant G Protein Coupled Receptor, Family C, Group 5, Member A (GPRC)
HtrA絲氨酸肽酶1(HTRA1)重組蛋白 Recombinant HtrA Serine Peptidase 1 (HTRA1)
HtrA絲氨酸肽酶4(HTRA4)重組蛋白 Recombinant HtrA Serine Peptidase 4 (HTRA4)
IgG-Fc片段低親和力受體Ⅲa(FcγR3A)重組蛋白 Recombinant Fc Fragment Of IgG Low Affinity IIIa Receptor (FcgR3A)
IgG-Fc片段低親和力受體Ⅲb(FcγR3B)重組蛋白 Recombinant Fc Fragment Of IgG Low Affinity IIIb Receptor (FcgR3B)
Juxtanodin蛋白(JN)重組蛋白 Recombinant Juxtanodin (JN)
Kruppel樣因子4(KLF4)重組蛋白 Recombinant Kruppel Like Factor 4, Gut (KLF4)
Lin-28同源物A(LIN28A)重組蛋白 Recombinant Lin-28 Homolog A (LIN28A)
L選擇素(SELL)重組蛋白 Recombinant Selectin, Leukocyte (SELL)
MARCKS相關(guān)蛋白(MARCKSL1)重組蛋白 Recombinant MARCKS Related Protein (MARCKSL1)

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