PCR引物設(shè)計的目的是為了找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板DNA序列。因此，引物的優(yōu)劣直接關(guān)系到PCR的特異性與成功與否。

PCR引物的通用設(shè)計原則：

 1、 引物應(yīng)用核酸系列保守區(qū)內(nèi)設(shè)計并具有特異性：引物與非特異擴增序列的同源性不要超過70%或有連續(xù)8個互補堿基同源。

2、 產(chǎn)物不能形成二級結(jié)構(gòu)：某些引物無效的主要原因是引物重復(fù)區(qū)DNA二級結(jié)構(gòu)的影響，選擇擴增片段時最好避開二級結(jié)構(gòu)區(qū)域。

3、引物長度一般在15~30堿基之間。

4、 G+C含量在40%~60%之間。

5、堿基要隨機分布：引物中四種堿基的分布最好是隨機的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不應(yīng)超過3個連續(xù)的G或C，因這樣會使引物在G+C富集序列區(qū)錯誤引發(fā)。

6、 引物自身不能有連續(xù)4個堿基的互補：否則引物自身會折疊成發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)牙引物本身復(fù)性

7、 引物之間不能有連續(xù)4個堿基的互補：兩引物之間不應(yīng)不互補性，尤應(yīng)避免3′端的互補重疊以防引物二聚體的形成。一對引物間不應(yīng)多于4個連續(xù)堿基的同源性或互補性。

8、引物5′端可以修飾。

9、引物3′端不可修飾。

10、 引物3′端要避開密碼子的第3位：如擴增編碼區(qū)域，引物3′端不要終止于密碼子的第3位，因密碼子的第3位易發(fā)生簡并，會影響擴增特異性與效率。