隨著生物實(shí)驗(yàn)所驗(yàn)證的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的不斷積累，目前出現(xiàn)了專門收集TFBS相關(guān)信息而各具特色的數(shù)據(jù)庫。TRANSFAC是真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息的數(shù)據(jù)庫，包含轉(zhuǎn)錄因子，轉(zhuǎn)錄調(diào)控關(guān)系以及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)等相關(guān)信息，涵蓋的物種有酵母、擬南芥、線蟲、果蠅、大鼠、小鼠、人等。它通過文獻(xiàn)挖掘來收集數(shù)據(jù)，并有嚴(yán)格的質(zhì)量控制。TRANSFAC中收錄的TFBS都是經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的，并且在每一個(gè)結(jié)合位點(diǎn)的條目中都標(biāo)注了相應(yīng)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)，實(shí)驗(yàn)條件并對(duì)該TFBS的可信度進(jìn)行了評(píng)價(jià)。TRANSFAC中不僅有TFBS的標(biāo)注，還提供了相應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子與靶基因的信息，如物種、蛋白質(zhì)一級(jí)序列、蛋白質(zhì)功能域等。TRANSFAC 11.3中，共收集了10 018個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，以及20 431個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，為TFBS預(yù)測(cè)算法提供了高質(zhì)量的訓(xùn)練集和驗(yàn)證集。JASPAR收錄了多細(xì)胞真核生物轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的信息，并以ELISA試劑盒  矩陣的形式保存，這些矩陣是由實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的結(jié)合位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)得來的。JASPAR包括3個(gè)子庫，JASPAR CORE、JASPAR FAM、JASPAR PHYLOFACTS。目前，JASPAR CORE中包含123個(gè)頻數(shù)矩陣，矩陣中的元素表示某個(gè)位置上出現(xiàn)某個(gè)堿基的頻數(shù)，JASPAR FAM中將轉(zhuǎn)錄因子按其DNA結(jié)合域的結(jié)構(gòu)特性分成若干家族，并提供了11個(gè)“家族共有"的TFBS的位置權(quán)重矩陣，為從結(jié)構(gòu)角度進(jìn)行TFBS研究提供了方便，JASPAR PHYLOFACTS中包含174個(gè)從在進(jìn)化上保守的基因上游元件中提取的頻數(shù)矩陣。值得一提的是，與商業(yè)數(shù)據(jù)庫TRANSFAC不同，JASPAR是*開放的資源，JASPAR與TRANSFAC的另一個(gè)主要區(qū)別是，JASPAR中含有的TFBS信息是非冗余的，即一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子對(duì)應(yīng)至多一個(gè)TFBS條目。SELEX_DB和HTPSELEX中收集了經(jīng)SELEX實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的TFBS信息。它們不同于綜合型的數(shù)據(jù)庫，除了實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的結(jié)合位點(diǎn)信息，還盡可能詳盡的提供了實(shí)驗(yàn)中間產(chǎn)物。此類數(shù)據(jù)庫包含的TFBS相對(duì)較少，但針對(duì)每一個(gè)TFBS提供了更為豐富的實(shí)驗(yàn)信息，這為致力于建立更TFBS模型的研究者提供了寶貴的數(shù)ELISA試劑盒  據(jù)。

另外，還有一些收集特定物種轉(zhuǎn)錄因子以及TFBS信息的數(shù)據(jù)庫：plantTFDB中包含22種植物中的26 402個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的信息，AGRIS中包含了模式生物擬南芥的轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)的信息，SCPD是收集酵母啟動(dòng)子區(qū)域序列的數(shù)據(jù)庫，里面包含轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)以及轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的注釋，TRED是收集哺乳動(dòng)物轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的數(shù)據(jù)庫，對(duì)人、小鼠、大鼠等物種的啟動(dòng)子區(qū)域有相對(duì)完整的注釋，ITFP中收集了哺乳動(dòng)物的轉(zhuǎn)錄因子與靶基因之間的調(diào)控關(guān)系信息。

主要是ENCODE這個(gè)數(shù)據(jù)庫DNA元件百科全書(英語：Encyclopedia of DNA Elements，簡(jiǎn)稱為ENCODEELISA試劑盒  計(jì)劃)是一個(gè)由美國(guó)國(guó)家人類基因組研究所在2003年9月發(fā)起的一項(xiàng)公共聯(lián)合研究項(xiàng)目，旨在找出人類基因組中所有功能組件。這是既完成人類基因組計(jì)劃后國(guó)家人類基因組研究所開始的zui重要的項(xiàng)目之一。所有在該項(xiàng)目中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)都會(huì)被迅速的在公共數(shù)據(jù)庫中公開。