這是形成組蛋白各組分微不均一性的主要原因。修飾的方式有：①乙?；?。有兩種，一種是H1、H2A、H4組蛋白的氨基末端乙?；?，形成α-乙酰絲氨酸，組蛋白在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)合成后輸入細(xì)胞核之前發(fā)生這一修飾。二是在H2A、H2B、H3、H4的氨基末端區(qū)域的某些專一位置形成N6-乙酰賴氨酸。②磷酸化。所有組蛋白的組分均能磷酸化，在細(xì)胞分裂期間，H1的1～3個絲氨酸可以磷酸化。而在有絲分裂時期，H1有3～6個絲氨酸或蘇氨酸發(fā)生磷酸化，其他四個核心組蛋白的磷酸化可以發(fā)生在氨基末端區(qū)域的絲氨酸殘基上。組蛋白的磷酸化可能會改變組蛋白與DNA的結(jié)合。③甲基化。僅發(fā)現(xiàn)于H3的9和27位和H4的20位的賴氨酸，鴨紅細(xì)胞組蛋白H1和H5的組氨酸。④ADP-核糖基化。組蛋白H1、H2A、H2B及H3和多聚ADP-核糖的共價結(jié)合，ADP-核糖基化被認(rèn)為是在真核細(xì)胞內(nèi)啟動復(fù)制過程的契機。④其他修飾：賴氨酸的丙?；⒍□；?、琥珀?；?、巴豆酰化、丙二酸酰等。

H3·H4的乙?；纱蜷_一個開放的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)，增加基因的表達。轉(zhuǎn)錄共同激活物如CBPöP300、PCAF實質(zhì)上是體內(nèi)的組蛋白乙?；D(zhuǎn)移酶(HAT）。相反，HDAC參與組成轉(zhuǎn)錄共同抑制復(fù)合物，已發(fā)現(xiàn)的兩個共同抑制復(fù)合物SIN3、Mi22NHRD（核小體重塑蛋白去乙?；福┒己蠬DAC1、HDAC2。SIN3的組成為核心（HDAC1、HDAC2、RBAP46öRBAP48)SIN3AöSIN3B、SAP30öSAP18共同構(gòu)成。SIN3復(fù)合物通過組分SIN3A與序列特異性轉(zhuǎn)錄因子或共同抑制物包括mael2max，核激素受體N2CORöSMRT、甲基化CPG粘附蛋白（MECP2、MBD2）相互作用。Mi22NHRD由核心（HDAC1、HDAC2、RBAP46öRBAP48)Mi2、MTA1öMTA2、MBD3組成，其中MBD3含有MBD樣序列，與甲基化DNA有低親和力，分析發(fā)現(xiàn)MBD3與甲基化有關(guān)的氨基酸被置換，由此推測MBD3與MBD2相互作用而使Mi22NURD與甲基化DNA結(jié)合。由此看出，DNA甲基化和組蛋白去乙酰化協(xié)同作用共同參與轉(zhuǎn)錄阻遏。此外，Mi22NURD還有染色質(zhì)重塑活性，所以SIN3和Mi22NURD可能分別在長期和短期轉(zhuǎn)錄阻遏調(diào)節(jié)中起作用。

在哺乳動物基因組中，組蛋白則可以有很多修飾形式.一個核小體由兩個H2A，兩個H2B，兩個H3，兩個H4組成的八聚體和147bp纏繞在外面的DNA組成.組成核小體的組蛋白的核心部分狀態(tài)大致是均一的，游離在外的N-端則可以受到各種各樣的修飾，包括組蛋白末端的乙?；?，甲基化，磷酸化，泛素化等等。組蛋白被甲基化的位點是賴氨酸和精氨酸.賴氨酸可以分別被一、二、*基化，精氨酸只能被一、二甲基化.在組蛋白H3上，共有5個賴氨酸位點可以被甲基化修飾.一般來說，組蛋白H3K4的甲基化主要聚集在活躍轉(zhuǎn)錄的啟動子區(qū)域。組蛋白H3K9的甲基化同基因的轉(zhuǎn)錄抑制及異染色質(zhì)有關(guān)。EZH2可以甲基化H3K27，導(dǎo)致相關(guān)基因的沉默，并且與X-Chromosomeinactivation相關(guān)。H3K36的甲基化同基因轉(zhuǎn)錄激活相關(guān)。