在正常情況下,科學(xué)家從實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)的微生物中提取DNA ,然后對其進(jìn)行測序.因?yàn)闊o法在實(shí)驗(yàn)室條件下獲得P. jirovecii細(xì)胞,所以無法獲得其基因組DNA,但是Hauser 及其同事采取了另外一種方法.他們從肺孢子菌肺炎患者中收集支氣管肺泡灌洗液,通過免疫共沉淀的方法收集P. jirovecii細(xì)胞,通過隨機(jī)引物擴(kuò)增獲得混合的DNA雙鏈,這些DNA混合物包含了來自P. jirovecii、人及患者肺部的其它微生物的DNA.隨后,研究人員對這些混合DNA進(jìn)行高通量測序.Hauser及其同事稱,所得到的是多個(gè)物種的測序結(jié)果,這給他們帶來了很大的挑戰(zhàn).“zui大的挑戰(zhàn)就是要從這些混合數(shù)據(jù)中分離出目標(biāo)序列.”Hauser說.SIB瑞士生物信息學(xué)研究所在這方面提供了*的專業(yè)知識和基礎(chǔ)設(shè)施.
完成了序列分類之后,研究人員開始對這些序列進(jìn)行基因組組裝,同時(shí)嘗試鑒定功能性的基因.這是科學(xué)家從單一來源的混合DNA池中進(jìn)行基因組組裝,這就是所謂的宏基因組（metagenome）.他們的分析揭示了一個(gè)令人驚訝的事實(shí)：P. jirovecii只有寄生在人體中才能存活.P. jirovecii缺乏必要的基因來產(chǎn)生一些生活的必要成分,這是專性寄生的一個(gè)標(biāo)志.“這意味著它們需要寄主為自身提供生活所需的物質(zhì).因此,人體是這種寄生物的載體,這是一個(gè)重大的發(fā)現(xiàn).”Hauser說.這是一個(gè)有用的信息,因?yàn)檫@意味著人類是這種微生物的重要資源,而病原物感染者及攜帶者是控制肺孢子菌肺炎傳播的關(guān)鍵點(diǎn).
會員1.png)