PCR是從轉(zhuǎn)錄水平上檢測(cè)目的基因,而非蛋白，從轉(zhuǎn)錄到翻譯還有復(fù)雜的過(guò)程，因此基因的表達(dá)量與蛋白的表達(dá)量不一定是正相關(guān)的。
WB只能半定量,但是可以檢測(cè)細(xì)胞膜蛋白，這點(diǎn)ELISA做不到，ELISA可用定量方法檢測(cè)蛋白,也就是說(shuō)你可以觀察不同濃度刺激物對(duì)目的蛋白的影響。

基因翻譯蛋白質(zhì)，PCR可以檢測(cè)基因的表達(dá)量，絕對(duì)定量和相對(duì)定量。但基因翻譯表達(dá)蛋白質(zhì)是個(gè)復(fù)雜的過(guò)程，有可能出現(xiàn)基因量大而蛋白質(zhì)少，或者相反，甚至其他情況。所以，PCR是從基因?qū)用鍰NA或mRNA進(jìn)行的檢測(cè)， 而Western Blot是目前一種結(jié)合內(nèi)參對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行半定量的方法，Elisa可以定量檢測(cè)某些蛋白、激素等。

一、目的
雖然兩者都是通過(guò)抗原抗體反應(yīng)對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行檢測(cè)，WB主要還是定性，Elisa可以定性，也可以定量。
WB所檢測(cè)的一般是抗原，而Elisa抗原抗體都可以檢測(cè)。
WB所檢測(cè)的抗原可以知道其分子量的大小，或是否是多聚體、降解產(chǎn)物等，一句話，WB可以確定所用抗體是與那種蛋白起作用的；而Elisa無(wú)能為力，一鍋端了。

二、模式
WB是（抗原-抗體-二抗酶）模式進(jìn)行檢測(cè)；Elisa模式有多種，如（抗原-抗體-二抗酶）、（抗原-抗體-抗原酶）、（抗抗體-抗體-抗原酶）、（抗體-抗原-抗體酶）、（抗抗體-抗體-抗原-抗體酶）等等很多很多。

三、抗體的適用性
WB所適用的一抗一般是線性位點(diǎn)的，ELISA線性或構(gòu)象型抗體都可以使用。從另一個(gè)意義上講，WB可以做抗體是線性位點(diǎn)還是構(gòu)象型位點(diǎn)的補(bǔ)充判定，而Elisa不行。

四、靈敏度
一般Elisa的靈敏度要遠(yuǎn)高于WB，這從一般酶標(biāo)記物的使用濃度或待檢樣品的稀釋度上就可以看出。

五、可操作性
WB一次處理量就是一塊膠版，10-20個(gè)樣品最多了。Elisa一塊96孔板一次可以處理96個(gè)樣本，可以設(shè)置多個(gè)復(fù)孔、對(duì)照、梯度樣等來(lái)提高檢測(cè)的可信度。
WB操作常見(jiàn)的非特異性條帶，膜本底差，顯色不好等等缺點(diǎn)在Elisa上表現(xiàn)得要好得多。

六、商品化度
WB不管怎樣，都要自己先做電泳。而Elisa有很多成熟的商品化試劑盒了，只要不怕花錢，檢測(cè)要方便快捷得多。