古朵知識(shí)點(diǎn)分享| 瓊脂糖凝膠電泳錯(cuò)誤

　　1. 使用水代替凝膠緩沖液或電泳緩沖液

　　瓊脂糖凝膠配制和電泳通常使用TAE或TBE緩沖液進(jìn)行。 如果您使用水進(jìn)行凝膠配制和跑電泳，您的凝膠將在電泳時(shí)很快融化。 TAE、TBE和水都是透明的溶液;因此，在配制時(shí)請(qǐng)檢查容器的標(biāo)簽。

　　2. 使用了錯(cuò)誤濃度的瓊脂糖

　　DNA凝膠電泳所需的標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖濃度為1.0%。濃度越高，小條帶的分辨率越高;反之，瓊脂糖濃度越低，大分子量條帶的分辨率和分離程度越高。 如果使用了錯(cuò)誤濃度的瓊脂糖凝膠，就很難確定DNA條帶的可靠性。 當(dāng)使用低百分比濃度瓊脂糖凝膠時(shí)要小心;它們往往較軟，更容易破損。

　　3. 顛倒了電泳槽與電源連接線的方向

　　這是很容易犯的錯(cuò)誤，但是如果你不小心顛倒了電泳槽與電源連接線的方向，結(jié)果將會(huì)非常令人沮喪。 因?yàn)闃颖緯?huì)向相反方向移動(dòng)，而且由于上樣孔與凝膠的末端很近，您會(huì)丟失所有的樣本。 開(kāi)始您的電泳后確保DNA樣本以正確的方向進(jìn)入凝膠;如果您看到您的條帶向錯(cuò)誤的方向移動(dòng)，請(qǐng)顛倒電源線的方向。

　　瓊脂糖凝膠中實(shí)現(xiàn)更高分辨率的5種方法

　　1. 什么是適合于您的瓊脂糖凝膠電泳的正確緩沖液?

　　進(jìn)行DNA瓊脂糖凝膠電泳所需的緩沖液類(lèi)型，主要取決于DNA片段大小和電泳后的應(yīng)用。 進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳最常見(jiàn)的兩種緩沖液是Tris-乙酸EDTA緩沖液(TAE)和Tris-硼酸EDTA緩沖液(TBE)。 因?yàn)閮煞N緩沖液的pH值都接近中性，所以緩沖液中的DNA都帶凈負(fù)電荷并向凝膠裝置正極(+)方向移動(dòng)。

　　對(duì)于小片段DNA (<1000 bp)，如果沒(méi)有計(jì)劃從凝膠中回收DNA，那么推薦使用1x TBE緩沖液。 TBE溶液具有高離子強(qiáng)度和緩沖能力。 TAE緩沖液，結(jié)合低電場(chǎng)強(qiáng)度(1–2 V/cm)，分離大DNA(12–15 kb)。 TAE緩沖液與瓊脂糖相互作用，相比較TBE緩沖液中的瓊脂糖凝膠，會(huì)產(chǎn)生更低的電滲透，更大的表面孔經(jīng)，和更低的電場(chǎng)強(qiáng)度，可降低大DNA的smear現(xiàn)象。

　　2. 為了獲得辨率您需要的DNA上樣量是多少?

　　DNA樣本量可以是各種各樣的，關(guān)鍵是您正在分離的DNA條帶的DNA含量。 最小可能被檢測(cè)的DNA的量依賴(lài)于所使用的染色方法(例如，使用SYBR Safe DNA凝膠染色可以檢測(cè)出 3 ng的DNA。 一個(gè)清晰且界限分明的條帶中DNA最大量為100 ng。

　　3. 凝膠配制如何影響條帶分辨率?

　　推薦的瓊脂糖凝膠厚度為3-4 mm;厚度超過(guò)5mm的凝膠會(huì)產(chǎn)生模糊的條帶和更高的染色背景。與此類(lèi)似，覆蓋在電泳裝置中凝膠上的電泳緩沖液厚度為3-5mm。 緩沖液太多會(huì)降低DNA遷移率并造成條帶變形。

　　梳齒的厚度也很重要，它會(huì)顯著影響分辨率。 薄梳(1 mm)會(huì)給出界限清晰的條帶，而厚梳會(huì)產(chǎn)生厚條帶，導(dǎo)致分辨率降低。 梳齒應(yīng)充分清洗以去掉可能的殘留物，否則可能會(huì)在泳道內(nèi)產(chǎn)生波浪線。 此外，在去除梳齒前要先加入緩沖液，以減少瓊脂糖孔附近的撕裂。

　　4. 凝膠類(lèi)型影響條帶分辨率嗎?

　　根據(jù)DNA的應(yīng)用和大小，瓊脂糖類(lèi)型會(huì)影響DNA分辨率。 凝膠強(qiáng)度，凝膠融解溫度，和電滲透是選擇合適瓊脂糖時(shí)的重要因素。

　　5. 您如何選擇瓊脂糖凝膠電泳運(yùn)行環(huán)境?

　　推薦的凝膠電泳裝置內(nèi)的電壓是4–10 V/cm(正極和負(fù)極之間的距離，不是凝膠長(zhǎng)度)。 如果電壓太低，遷移率會(huì)降低，而且條帶會(huì)因擴(kuò)散而變寬。 如果電壓太高，條帶分辨率會(huì)降低，這主要是由于凝膠過(guò)熱引起的。

　　瓊脂糖凝膠電泳 上海古朵生物科技有限公司成立于上海浦東新區(qū)。是一家專(zhuān)門(mén)從事生物技術(shù)相關(guān)產(chǎn)品，勵(lì)志研發(fā)和銷(xiāo)售的綜合性生物公司，產(chǎn)品遠(yuǎn)銷(xiāo)多個(gè)國(guó)家和地區(qū)，我們將一如既往地秉承“一切為了滿足客戶的需求"的經(jīng)營(yíng)宗旨;牢固樹(shù)立“以客戶需求為準(zhǔn)則、以市場(chǎng)需求為導(dǎo)向，不斷開(kāi)發(fā)高質(zhì)量的新產(chǎn)品，提供客戶滿意的綜合服務(wù)質(zhì)量"的方針。