單克隆和多克隆抗體的選擇。由一種克隆產生的特異性抗體叫做單克隆抗體。單克隆抗體能目標明確地與單一的特異抗原決定簇結合，精確地命中目標一樣。另一方面，即使是同一個抗原決定簇，在機體內也可以由好幾種克隆來產生抗體，形成好幾種單克隆抗體混雜物，稱為多克隆抗體。在抗原抗體反應中，一般單克隆抗體特異性強，但親和力相對小，檢測抗原靈敏度相對就低；而多克隆抗體特異性稍弱，但抗體的親和力強，靈敏度高，但易出現非特異性染色（可以通過封閉等避免）。

    應用范圍的選擇。有的一抗只能用于 WB ( Western blotting）或免疫組化、免疫熒光、免疫沉淀等；甚至表明石蠟切片或冰凍切片。

    種屬反應性的選擇。這一點很重要，表明這種抗體可能存在種屬差異，且這種抗體適合檢測哪種種屬動物體內的抗原。

    種屬來源，一般兔來源的多是多克??；而小鼠來源的多是單克隆，但也有另外。根據此來源來選擇相應的二抗。