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　　多肽的蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)決定了它的二級，三級和四級結(jié)構(gòu)一級結(jié)構(gòu)多肽和蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)是參照任何二硫鍵的位置在多肽鏈的氨基酸序列。的一級結(jié)構(gòu)可被認(rèn)為是為所有的共價鍵結(jié)合的多肽鏈或蛋白的完整的描述最常見的方式來表示一個一級結(jié)構(gòu)是寫使用的是標(biāo)準(zhǔn)的三字母縮寫氨基酸的氨基酸序列。例如：

　　GLY-GLY-SER-ALA是由，，按照這個順序，從N-末端氨基酸的C-末端氨基酸()的多肽的一級結(jié)構(gòu)。

　　二級結(jié)構(gòu)是有序排列或局部區(qū)域的氨基酸的多肽或??蛋白質(zhì)分子的構(gòu)象。氫鍵鍵合在穩(wěn)定這些折疊模式中起著重要的作用。兩個二級結(jié)構(gòu)主要是α-螺旋和反平行的β-折疊片。還有其他的周期性的構(gòu)象，但α-螺旋和β-折疊片材是的。一個單一的多肽或蛋白質(zhì)可能包含多個二級結(jié)構(gòu)。

　　的α-螺旋結(jié)構(gòu)是慣用右手或順時針螺旋形，其中每個肽鍵中的反式構(gòu)象，是平面的。每個肽鍵的胺組一般運行向上和螺旋線的軸線平行;羰基指向大致向下。

　　β-折疊片由擴展與相鄰鏈彼此反平行延伸的多肽鏈。的α-螺旋，每一個肽鍵是反式的和平面的。的胺與羰基的肽鍵指向?qū)Ψ?，并在同一平面上，所以相鄰多肽鏈之間的氫鍵鍵合可以發(fā)生。

　　螺旋線相同的多肽鏈的胺和羰基之間形成氫鍵穩(wěn)定。折疊片層是穩(wěn)定的一個鏈的胺基羰基相鄰的鏈之間的氫鍵。

　　三級結(jié)構(gòu)的多肽或蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)是三維排列的原子的單鏈多肽。的多肽組成的構(gòu)象一個單一的折疊方式(例如，一個α-螺旋)，二級和三級結(jié)構(gòu)可能是一個相同的。另外，對于一個單一的多肽分子組成的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)，達(dá)到的。三級結(jié)構(gòu)主要是通過二硫鍵維持。半的側(cè)鏈之間形成二硫鍵的兩個硫醇基(SH)被氧化，以形成二硫鍵(SS)，有時也稱為一個二硫橋。

　　四級結(jié)構(gòu)是用來描述由多個亞基(多個多肽分子，分別稱為“單體")的蛋白質(zhì)。大多數(shù)的蛋白質(zhì)，其分子量大于50,000包括兩個或兩個以上的非共價鍵聯(lián)的單體。在三維蛋白單體的配置的四級結(jié)構(gòu)。最常見的例子，用來說明四級結(jié)構(gòu)的血紅素蛋白。血紅蛋白的四級結(jié)構(gòu)是其單體亞基的包。血紅蛋白是由四個單體組成。有兩個α-鏈，每一個有141個氨基酸，和兩個β鏈，每個具有146個氨基酸。因為有兩個不同的亞基，血紅蛋白具有heteroquaternary結(jié)構(gòu)。如果所有的蛋白質(zhì)中的單體是相同的，有結(jié)構(gòu)homoquaternary。

　　疏水相互作用是四級結(jié)構(gòu)的亞基主要穩(wěn)定力量。當(dāng)一個三維形狀的單一單體折疊成其極性側(cè)鏈暴露到含水環(huán)境中，，屏蔽非極性側(cè)鏈，還存在一些的暴露表面上的疏水性部分。將這樣組裝兩種或多種單體，其暴露的疏水部分相接觸。

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