CUT&RUN實(shí)驗(yàn)可以用來分析多種蛋白的染色質(zhì)圖譜，包括PTMs，轉(zhuǎn)錄因子，染色質(zhì)remodelers和染色質(zhì)writers/readers。
如果你對這個(gè)技術(shù)不是很熟悉，建議你從細(xì)胞類型、實(shí)驗(yàn)條件、對照、抗體等方面來入手。這個(gè)試劑盒它可以兼顧多種細(xì)胞類型。
對于未固定的細(xì)胞，是研究組蛋白PTMs和轉(zhuǎn)錄因子理想的實(shí)驗(yàn)材料。這種細(xì)胞可以有多種來源，包括貼壁、懸浮細(xì)胞，組織樣品。
CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked細(xì)胞，樣品固定一般用于研究一些染色質(zhì)瞬時(shí)作用因子和某些PTMs。也可以提取nuclei，這種方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白。另外，當(dāng)你的實(shí)驗(yàn)材料是免疫細(xì)胞時(shí)，也推薦提取nuclei，因?yàn)镃onA beads可以激活某些免疫細(xì)胞。
對照和標(biāo)準(zhǔn)化是整個(gè)實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵步驟。陽性對照推薦使用H3K4me3或者H3K27me3,；陰性對照推薦使用Rabbit IgG。你還可以使用spike-in來進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。
在zui近的一項(xiàng)研究中，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)和國家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所的科學(xué)家們利用CUT&RUN技術(shù)建立了一個(gè)功能性全基因組圖譜，該圖譜是一種稱為缺氧誘導(dǎo)因子的蛋白質(zhì)復(fù)合物的特異性結(jié)合位點(diǎn)—HIF1α，位于人眼的晶狀體中。該團(tuán)隊(duì)表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因?yàn)榍罢卟恍枰狣NA-蛋白質(zhì)交聯(lián)。此外，與ChIP-seq相比，前者成功實(shí)驗(yàn)所需的細(xì)胞計(jì)數(shù)J低。
正常而言，隨著出生后眼睛的發(fā)育，提供健康血液供應(yīng)的血管隨著時(shí)間的推移開始萎丨縮。結(jié)果，眼睛中的氧氣含量穩(wěn)步下降，造成缺氧環(huán)境。HIF1α作為一種蛋白質(zhì)復(fù)合物，可調(diào)節(jié)身體對缺氧環(huán)境的反應(yīng)，這意味著它可以在晶狀體細(xì)胞發(fā)育和體內(nèi)平衡中發(fā)揮作用。
該實(shí)驗(yàn)中收集的數(shù)據(jù)有助于建立眼晶狀體中HIF1αDNA復(fù)合物的個(gè)功能圖，同時(shí)也強(qiáng)調(diào)了健康晶狀體發(fā)育對HIF1α的需求。zui終，CUT&RUN技術(shù)的這種成功應(yīng)用，有助于接下來的大量研究，重點(diǎn)是了解某些蛋白質(zhì)可能對基因表達(dá)的作用。
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