單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，是人類可遺傳的變異中常見的一種。SNP在人類基因組中廣泛存在，平均每500~1000個堿基對中就有1個，估計其總數(shù)可達(dá)300萬個甚至更多。SNP在CG序列上出現(xiàn)為頻繁，而且多是C→T。
遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標(biāo)記輔助育種、群體遺傳研究等領(lǐng)域都會涉及到SNP分型分析。
SNP基因分型的常見方法有：
Taqman 探針法、SNaPshot法、飛行時間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲線）分型等技術(shù)平臺。其中，基于時間飛行質(zhì)譜（MALDI-TOF）完成的SNP檢測準(zhǔn)確率可達(dá)99.9%，除了準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)、通量大、檢測周期短等優(yōu)勢外，有吸引力的應(yīng)該還是它的性價比。飛行時間質(zhì)譜平臺（MALDI-TOF）是通用的基因單核苷酸多態(tài)性（SNP）的研究平臺，該方法憑借其科學(xué)性和準(zhǔn)確性已經(jīng)成為該領(lǐng)域的新標(biāo)準(zhǔn)。
為此，我們推薦使用Solis BioDyne，增強(qiáng)摻入非常規(guī)核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶，適合用于MALDI-TOF質(zhì)譜法和其他引物延伸平臺：
TERMIPol® DNA Polymerase | 01-03-00500 | 否 |
HOT TERMIPol® DNA Polymerase | 01-06-00500 | 是 |
* 如上TERMIPol DNA聚合酶產(chǎn)品均已通過了Bruker與 Agena BioScience平臺的驗證
以Agena 平臺為例：《MassARRA系統(tǒng)》
原理：首先通過PCR擴(kuò)增出含有SNP位點(diǎn)的一段DNA（SNP位點(diǎn)前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一單堿基延伸引物，其3’末端堿基緊挨SNP位點(diǎn)，采用四種ddNTP替代dNTP。這樣，探針在SNP位點(diǎn)處僅延伸一個堿基，連接上的ddNTP與SNP位點(diǎn)的等位基因?qū)?yīng)。用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS) 檢測延伸產(chǎn)物與未延伸引物間的分子量差異，確定該點(diǎn)處堿基。
實驗流程如下：
1.PCR擴(kuò)增含有目的SNP 的DNA序列，并通過純化去除未結(jié)合的dNTPs
2.iPLEX單堿基延伸：純化后的PCR產(chǎn)物，針對每個靶點(diǎn)SNP設(shè)計一條延伸引物，在以ddNTPs為底物的體系中進(jìn)行單堿基延伸，每個SNP的等位基因延伸產(chǎn)物僅為末端一個堿基的差異。
3.純化，并將產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到SpectroCHIP芯片上，進(jìn)行質(zhì)譜檢測，同一個SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的檢測峰而被區(qū)分。
Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase將會用于上圖中的單核苷酸延伸中
已發(fā)表文章：
【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .
【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .
【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.
除了上述的的分子診斷神器，Solis BioDyne為客戶提供終點(diǎn)PCR（end-point PCR），qPCR（real-time PCR），反轉(zhuǎn)錄PCR（Reverse transcription），以及其它PCR所需的配套試劑。產(chǎn)品線縱覽圖如下：
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