總體上，可以構(gòu)建兩大類抗體文庫：免疫文庫或天然文庫。免疫文庫是用免疫球蛋白（Ig）可變區(qū)（V）基因制備而成的，這些基因或來自免疫人群，或來自小鼠；其中的V基因高度偏向于能識(shí)別免疫原的抗體。因而，免疫文庫中分離的抗體親和力，遠(yuǎn)高于那些分離自同等規(guī)模天然文庫的抗體。這些抗體文庫同樣可用來選擇針對(duì)非免疫抗原的抗體。天然文庫的構(gòu)建意圖是讓抗體文庫沒有偏好性，從而可以從中選擇到針對(duì)各種各樣抗原的抗體。它們或來自天然的未免疫人體的重排V基因，或來自合成的人V基因。總體而言，所選擇抗體的親和力與相應(yīng)的抗體文庫容量是成比例的；其Kde值在較小抗體文庫的10-6～10-9mol/L到較大抗體文庫的10-9mol/L之間。這一發(fā)現(xiàn)與理論推測是一致的。elisa試劑盒
對(duì)天然V基囪抗體文庫和合成的V基因抗體文庫進(jìn)行比較可以發(fā)現(xiàn)：天然V基因文庫 與同樣規(guī)模的合成V基因抗體文庫相比，可產(chǎn)生具有更高親和力的抗體。這也許是由于合 成文庫中所采用的互補(bǔ)決定區(qū)域（CDR）殘基不能為抗體結(jié)構(gòu)所接受，或是由于產(chǎn)生了不能以高親和力結(jié)合的抗體結(jié)構(gòu)。采用聚合酶鏈反應(yīng)（PCR）以此方法制備合成行V區(qū)基因，同樣可導(dǎo)致在可變區(qū)出現(xiàn)框移和終止密碼子。要解決此問題，可以用三核苷酸替代單堿基來合成寡核苷酸，盡管此項(xiàng)技術(shù)成本高昂且未廣泛普及。至于合成性scFv折疊不佳問題的解決，可以先用一個(gè)能識(shí)別V區(qū)構(gòu)象表位的配體，如蛋白A或蛋白L，除去預(yù)先選擇正確折疊的VH和VL基因（I．M．To mlinson），盡管這于已知能結(jié)合此類蛋白的VH和VL基因的抗體文庫構(gòu)建。使用合成性V區(qū)基因的優(yōu)點(diǎn)是：可以挑選或工程化那些已知能在細(xì)菌中良好表達(dá)的V基因，盡管CDR區(qū)內(nèi)單個(gè)氨基酸改變也許會(huì)導(dǎo)致細(xì)菌表達(dá)水平的迥異。現(xiàn)已用合成性三核苷酸技術(shù)建立了一個(gè)抗體文庫。這個(gè)技術(shù)可以利用旁側(cè)限制性位點(diǎn)讓合成性序列插入CDR區(qū)的任何位置：這對(duì)于隨后的抗體親和力成熟尤其有用。
elisa試劑盒 盡管在理論上，抗體文庫的構(gòu)建有多種不同的選擇，不過大多數(shù)已發(fā)表的研究工作傾向于按照一種業(yè)已嘗試并且驗(yàn)證過的實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行。尤其是以絲狀噬菌體為基礎(chǔ)的噬菌粒載體以及用pⅢ作為展示蛋白，幾乎成為了*。大多數(shù)抗體文庫采用scFv模式，但也有一些采用Fab模式。Fab包括兩條鏈，即VH—CH1和VL-CL，需要將兩者組裝為一體。另一方面，scFv則是一條含有兩個(gè)V區(qū)結(jié)構(gòu)域的單鏈蛋白，其中這兩個(gè)結(jié)構(gòu)域通過一個(gè)柔性連接頭共價(jià)地結(jié)合在一起?？傮w上，F(xiàn)ab在噬菌體上更難組裝并也更可能降解；其作為可溶性抗體片段的產(chǎn)量也更低；同時(shí)，由于具有較大的編碼DNA分子，因此，也更易出現(xiàn)噬菌體（粒）中DNA分子不穩(wěn)定的問題。
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