隨著對基因認識的不斷深入，發(fā)現(xiàn)在同種生物的不同個體之間，盡管其蛋白質產(chǎn)物的結構和功能*相同或僅存在著細微的差異，但在DNA水平卻存在著差異，尤其在不編碼蛋白質的區(qū)域以及沒有重要調節(jié)功能的區(qū)域表現(xiàn)更為突出。這種不影響生物體表型的DNA突變被稱為中性突變。

分子生物學技術的不斷發(fā)展已使得從DNA水平直接分析這類突變成為可能。

目前應用較多且成熟的方法是限制性片段長度多態(tài)性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)。即當DNA序列中某一個堿基發(fā)生突變，使突變所在部位的DNA序列獲得或丟失某種限制性核酸內切酶位點;或當DNA分子內部發(fā)生較大的順序突變如缺失、重復、插入，或DNA高變區(qū)內某串聯(lián)重復順序的拷貝數(shù)不同致使其兩側限制性核酸內切酶位點發(fā)生相對位移時，利用相應的限制性核酸內切酶消化此DNA，便會產(chǎn)生與正常不同的限制性片段。這樣，在同種生物的不同個體中就會出現(xiàn)不同長度的限制性片段類型。

因為DNA的中性突變常以孟德爾顯性遺傳方式遺傳給下一代，所以對這類突變檢測已廣泛用于遺傳病的診斷、產(chǎn)前診斷、親子鑒定以及法醫(yī)學上對罪犯的確認等。