聚合酶鏈反應-單鏈構象多態(tài)性分析（Single Strand Conformation Polymorphism Analysis of Polymerase Chain Reaction Products, PCR-SSCP）是近年來發(fā)展起來的一種基因分析方法。
　PCR-SSCP分析的基本程序為：首先PCR擴增特定靶序列，然后將擴增產(chǎn)物變性為單鏈，進行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。在不含變性劑的中性聚丙烯酰胺凝膠中電泳時，DNA單鏈的遷移率除與DNA鏈的長短有關外，更主要的是取決于DNA單鏈所形成的構象。在非變性條件下，DNA單鏈可自身折疊形成具有一定空間結構的構象。這種構象由DNA單鏈堿基決定，其穩(wěn)定性靠分子內(nèi)局部順序的相互作用（主要為氫鍵）來維持。相同長度的DNA單鏈其順序不同，甚至單個堿基不同，所形成的構象不同，電泳遷移率也不同。PCR產(chǎn)物變性后，單鏈產(chǎn)物經(jīng)中性聚丙烯酰胺凝膠電泳，靶DNA中含單堿基置換，或數(shù)個堿基插入或缺失等改變時，因遷移率變化會出現(xiàn)泳動變位，從而可將變異DNA與正常DNA區(qū)分開。由此可見，PCR-SSCP分析技術是一種DNA單鏈凝膠電泳技術，它根據(jù)形成不同構象的等長DNA單鏈在中性聚丙烯酰胺凝膠中的電泳遷移率變化來檢測基因變異。該技術已被廣泛用于癌基因和抗癌基因變異的檢測、遺傳病的致病基因分析以及基因診斷、基因制圖等領域。
　　為了高靈敏特異性地顯示SSCP分析結果，現(xiàn)已發(fā)展多種PCR-SSCP技術，各有其優(yōu)勢及適用領域。例如，可以在PCR擴增中用同位素或熒光素等標記引物或核苷，也可以在電泳后用銀染或溴化乙錠染色以顯示結果。這里將重點介紹zui常用的放射性同位素PCR-SSCP法。在進行PCR擴增特定靶基因序列時，利用γ-32P-ATP標記引物或直接在PCR反應體系中加入α-32P-dCTP進行PCR擴增，使擴增產(chǎn)物帶有同位素標記物，然后將擴增產(chǎn)物變性為單鏈進行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，放射自顯影顯示結果。利用引物標記或堿基摻入法使PCR擴增產(chǎn)物帶有同位素標記物，均可使產(chǎn)物信號增強幾個數(shù)量級。二者相比較，前者經(jīng)濟、擴增特異性強，多用于大樣本的檢測和篩選；后者操作簡便，適于一般實驗室開展，可用于小樣本或大樣本的檢測和篩查。本節(jié)僅介紹同位素標記堿基摻入法。
一、試劑準備
⒈　PCR相關試劑
⒉　α-32P-dCTP
⒊　30％聚丙烯酰胺（29：1）：丙烯酰胺29g、甲叉雙丙烯酰胺 1g，溶于100ml ddH2O中，4 ℃保存。
⒋　10％過硫酸胺配制方法：1g 過硫酸胺，溶于10ml ddH2O中，4 OC保存（可用數(shù)周）。
⒌　TEMED（N，N，N，N’，N’-四甲基乙二胺）
⒍ 5×TBE緩沖液：Tris堿54g、硼酸27.5g、0.5M EDTA(pH 8.0) 20ml，加ddH2O至1000ml。
7．變性上樣液：95% 甲酰胺、0.03%二甲苯青、0.05%溴酚藍、 20mM EDTA(pH 8.0)
二、操作步驟
⒈ PCR擴增
反應總體積為10μl，在0.5ml微量離心管中加入下列反應成分：
10×buffer 　 1μl
dNTPmix 　　 70μM
DNA模板 100ng
引物及Taq DNA酶 依實驗設計要求按比例加入
α-32P­-dCTP 　 0.1μl
加ddH2O至 　 10μl
按實驗設計循環(huán)參數(shù)進行擴增，獲取擴增產(chǎn)物。
⒉ 聚丙烯酰胺凝膠電泳
⑴ 電泳槽玻璃板的處理：用洗滌劑清洗玻璃板，自來水反復沖凈洗滌劑，雙蒸水沖洗3次，晾干，95％乙醇擦拭，自然干燥。用棉簽沾取SigmaCote涂于玻璃的貼膠面上， 5～10min后再用軟紙擦拭除去多余的SigmaCote溶液。在兩塊玻璃內(nèi)的兩側放好襯條對齊，用固定夾夾緊兩塊玻璃，并用玻璃膠帶封邊。
⑵ 制膠：按照被分離DNA片段的大小、含量及玻璃板、襯條的大小決定凝膠的濃度與體積，一般來講使用5％～8％的凝膠較為合適。輕輕搖勻配制的膠液于真空抽氣（開始時要緩慢）除氣泡，加 35μl TEMED至聚丙烯酰胺混合液中，混勻。用10ml玻璃吸管或50ml注射器吸取膠液，將玻璃模具傾斜成60O角，緩慢注入兩玻璃板間的空隙中，直至灌滿模具頂部。立即插入相應的點樣梳，（小心勿使梳齒下帶進氣泡，并且不要將梳齒全部插入膠內(nèi)，留約2mm梳齒于玻璃板上端，以免拔梳時把膠孔拔斷）。由于凝膠在聚合過程中有回縮，所以應小心添加些膠液于梳子處，水平放置，室溫聚合1hr。將封口玻璃膠帶掀去，放入電泳槽，凹型玻璃貼緊電泳緩沖液槽，用大號固定夾固定住兩側。在上下電泳槽內(nèi)灌入 1×TBE電泳緩沖液。小心取出點樣梳，用槽內(nèi)的緩沖液反復沖洗點樣孔，以去除可能存在的未聚合的聚丙烯酸胺和氣泡。
⑶ 擴增產(chǎn)物的處理：將 PCR擴增產(chǎn)物與變性上樣液按1：5的比例加入0.5ml　微量離心管中，混勻。樣品上膠前應98℃變性10min，立即冰浴驟冷。取約3～5μl變性樣品（根據(jù)點樣孔的大小決定上樣量），以微量加樣器上樣，（上樣時要注意不要有氣泡沖散樣品，而且速度要快，時間長了樣品易于擴散）。
⑷ 電泳：電泳槽接上電極（上槽接負極，下槽接正極）開啟電源，根據(jù)擴增片段的大小及電泳槽和凝膠的大小，決定電泳的電壓及電泳時間。通常室溫下以l～5V／cm電泳。
⑸ 剝膠：電泳結束后，倒棄電泳緩沖液，取下電泳膠玻璃，用塑料楔子從玻璃板底部一角小心分開玻璃，凝膠應附著在一塊玻璃上，切去凝膠左上角，作為點樣順序標記。剪一張與玻璃同樣大小的濾紙，嚴密覆蓋于凝膠上，順一個方向?qū)⒛z緩慢取下，用保鮮膜蓋于膠面并包好，避免膜和膠之間產(chǎn)生氣泡或皺折，將凝膠固定在X線片夾中。