cDNA芯片的原理是，通過克隆的方法把獲得目標(biāo)序列并將其作為探針，通過芯片點(diǎn)樣儀噴到特定的基質(zhì)上。由于探針要來源于獲得的cDNA克隆，因此全部實(shí)驗(yàn)下來周期很長(zhǎng)，工作量很大，費(fèi)用很高。更由于探針的長(zhǎng)短大小不一，雜交條件也不同，因此由于實(shí)驗(yàn)體系本身導(dǎo)致信號(hào)強(qiáng)弱的變化甚至已經(jīng)超過了待檢測(cè)的樣品，可靠性和重復(fù)性很差，目前已經(jīng)基本淘汰。

oligo芯片是在cDNA芯片的基礎(chǔ)上發(fā)展起來的。他通過預(yù)先設(shè)計(jì)并合成特性的寡核苷酸一般25-60mer長(zhǎng)度，然后將其點(diǎn)樣到特定的基質(zhì)上構(gòu)成芯片。他克服了由于探針雜交條件變化巨大導(dǎo)致的數(shù)據(jù)結(jié)果的不可靠。但也存在點(diǎn)樣時(shí)引物濃度不同引起的信號(hào)差異變化。由于Oligo芯片的探針是初期一次性合成，因此Oligo芯片需要合成的數(shù)量十分巨大才能使每片的成本攤薄。事實(shí)上，由于每次芯片的使用很少，加上實(shí)驗(yàn)分析等消耗的時(shí)間，從實(shí)驗(yàn)初期到實(shí)驗(yàn)?zāi)┢诘臅r(shí)間跨度很大，因此早期合成的Oligo探針存在著降解而導(dǎo)致檢測(cè)質(zhì)量下降的情況，這樣，除非重新合成新的探針，否則后期的芯片的檢測(cè)質(zhì)量會(huì)大大的降低。同時(shí)，如果實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)發(fā)生變動(dòng)，則合成的探針無法繼續(xù)使用，造成巨大的浪費(fèi)。

原位合成芯片是在Oligo芯片基礎(chǔ)上發(fā)展起來的，從本質(zhì)上說，它也是oligo芯片。只不過它是在芯片基質(zhì)上通過化學(xué)反應(yīng)直接合成的。這樣做的好處是，同一批芯片上的所有探針都是在一個(gè)條件下完成的，因此同一批芯片的探針濃度的均一性很好，使得檢測(cè)數(shù)據(jù)的重復(fù)性很好。同時(shí)，由于原位合成芯片隨用隨合成，加上他不需要價(jià)格昂貴的首期合成費(fèi)用。因此可以少量多次的靈活合成，避免了傳統(tǒng)點(diǎn)樣Oligo探針的降解情況。這樣帶來的好處是不論實(shí)驗(yàn)周期多長(zhǎng)，每批所使用的芯片質(zhì)量都是相同的，保證了實(shí)驗(yàn)的重復(fù)性。更為重要的是，由于原位合成的起始成本很低，因此不需要合成大量的芯片來分?jǐn)偝杀?。大多?shù)的研究者只需要20-30片的芯片，如果采用點(diǎn)樣的Oligo來做，成本是高昂的，費(fèi)用是驚人的。而原位合成芯片則避免了這種缺點(diǎn)。因此，可以根據(jù)前次實(shí)驗(yàn)的結(jié)果靈活的修正下一步的芯片使用方案。這種靈活性是Oligo芯片的技術(shù)無法做到的。

對(duì)于芯片效果的比較，目前的爭(zhēng)論也陷入一種誤區(qū)。其實(shí)，無論是探針的長(zhǎng)短，還是合成效率的高低，以及檢測(cè)的相應(yīng)率。在目前的技術(shù)條件下，任何的一種芯片技術(shù)都不可能做到。比如Affymetrix的500K檢測(cè)號(hào)稱有98%的檢出率(Call rate)。但一般公司能穩(wěn)定做到95%就算不錯(cuò)了。從百分比來看已經(jīng)很高了，但如果考慮到50萬個(gè)點(diǎn)里還有5%的無法檢測(cè)出的信號(hào)點(diǎn)，那么值也有2.5萬個(gè)點(diǎn)了。是不是大得驚人?但這并不妨Affymetrix的芯片成為行業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)。

由于芯片研究的是一群基因的變化，由于不同樣本之間的差異會(huì)導(dǎo)致結(jié)果差異巨大。這種巨大的差異已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過了技術(shù)上的誤差。因此，只要這種芯片具有良好的重復(fù)性，而這種重復(fù)性的效率又是可以確定的話，是*可以接受了。如果因?yàn)槟稠?xiàng)指標(biāo)的優(yōu)劣而強(qiáng)調(diào)某個(gè)技術(shù)的好壞，忽略了技術(shù)平臺(tái)和技術(shù)系統(tǒng)的誤差，這樣產(chǎn)生的結(jié)果才是災(zāi)難性的。

比如，在我們還在認(rèn)為Affymetrix芯片很好的時(shí)候，國(guó)外有人做了一個(gè)實(shí)驗(yàn)，比較了Affy和其他公司的芯片技術(shù)。結(jié)論是，沒有本質(zhì)的區(qū)別。當(dāng)然，人家是在一個(gè)完整熟練的平臺(tái)上操作下來了。這點(diǎn)是我們zui容易忽略的。

毛主席說過“看菜吃飯，量體裁衣”，在同樣的技術(shù)水平條件下你選擇哪種芯片解決你研究的問題關(guān)鍵是看哪種技術(shù)條件的成本zui低。如果你口袋里銀子比較緊張，所研究的物種恰恰又沒有商業(yè)芯片，那么建議采用原位合成的芯片來解決問題。如果你短期需要一大批芯片作檢測(cè)，那么點(diǎn)樣的oligo芯片會(huì)讓你降低每片的成本。至于cDNA芯片，現(xiàn)在作為的人恐怕不會(huì)很多了吧，起碼我是不會(huì)選擇這樣的技術(shù)路線。

微陣列芯片俗稱生物芯片(Biochip)，不錯(cuò)現(xiàn)在使用的比較少了。cDNA芯片和Oligo芯片zui大的不同點(diǎn)在于cDNA芯片固定的探針為cDNA,，而Oligo芯片固定的探針為DNA寡聚核苷酸片段探針。